Cette flore, bien que variée, n’est toutefois pas très riche pour ce qui est de l’aspect patrimonial. De nombreux habitats sont en effet fortement dégradés et n’abritent plus les espèces typiques qui devaient certainement abonder auparavant. Par exemple, certains bois alluviaux et zones ouvertes sont littéralement envahis par 4 ou 5 espèces (sureau yèble, gaillet gratteron, grande ortie, ronce), ne laissant que peu de chances aux autres de s’installer. Mais la Garonne réserve encore quelques belles surprises, en voici quelques exemples.

Quelques bois alluviaux sont encore inondables et fonctionnels. Le saule blanc est alors bien présent et peut se régénérer, il forme souvent dans ce cas des forêts monospécifiques, même si le peuplier noir est souvent bien présent. En lisière ou sur les berges, on peut également trouver l’orme lisse, un arbre typique des grandes vallées fluviales, en compagnie des frênes et de l’aulne glutineux, ainsi que des saules pourpre et drapé.

En zone pyrénéenne ou de piémont, des bois frais de pente préservés offrent une explosion de couleurs au printemps, avec le merisier à grappes, la lunaire vivace, l’isopyre, la scille lis-jacinthe, les anémones des bois et jaune, la balsamine ne-me-touchez-pas, etc.

Dans les zones plus ouvertes, sur les berges ou dans des clairières, les formations à hautes herbes hygrophiles (mégaphorbiaies) sont caractérisées notamment par la salicaire, la lysimaque commune, la reine des prés, et quelques graminées. Parmi les espèces intéressantes qui peuvent s’y développer, nous pouvons citer le scirpe des lacs, le bident penché et l’épiaire des marais.

Le butome en ombelle, espèce protégée en Midi-Pyrénées, est connue le long de la Garonne en seulement 2 localités, à Portet-sur-Garonne (31) et à Grisolles (82), qui plus est avec des effectifs faibles. Ces populations sont donc à surveiller de près et constituent un patrimoine local à part entière.

Quelques roselières peuvent localement prendre place lorsque l’humidité est plus importante. Elles sont généralement dominées par le phragmite (ou roseau commun) et la baldingère faux roseau.

Les habitats aquatiques sont également le lieu de belles découvertes. Le nénuphar jaune, protégée en Haute-Garonne, colonise certains bras morts, formant souvent de grandes populations, comme à Couladère (près du pont de Cazères) et Merville (Ramier de Bigorre).

Une autre plante protégée est connue dans des mares à Portet-sur-Garonne (Parc du Confluent Garonne – Ariège). Il s’agit d’une plante carnivore, l’utriculaire du Midi, dont les feuilles, modifiées en petits sacs, aspirent mécaniquement de petits invertébrés aquatiques (daphnies notamment). Ces derniers sont digérés et constituent une source d’azote pour la plante. Elle est rare dans la région et très rare à l’échelle du couloir garonnais.

Ces bras morts et mares abritent une végétation aquatique spécifique, composée de potamots, de myriophylles, de renoncules blanches, de lentilles d’eau, etc. Ponctuellement, des espèces exotiques (élodées, jussies) s’installent et supplantent la flore locale.

Au sein de ces zones humides, de petits écoulements, voire des ruisseaux, sont l’habitat de prédilection d’espèces rares, comme la canche aquatique, la berle d’eau, la laîche faux-souchet… Quelques plantes typiques de ces milieux sont plus connues, comme le cresson de fontaine, la véronique mouron-d’eau, etc.

En fin d’été, le niveau d’eau et le débit de la Garonne baissent fortement. C’est à ce moment qu’apparaissent des milieux particuliers, les atterrissements.

Ce sont des bancs de galets, graviers et vases, qui sont donc sous l’eau une grande partie de l’année et s’exondent seulement 2 ou 3 mois maximum. Encore, un cortège floristique caractéristique s’y développe, avec la rorippie des bois, le souchet brun, le scirpe des marais, etc.

Il ne faut bien sûr pas oublier les prairies sèches fluviales, qui abritent plusieurs espèces d’orchidées (orchis pyramidal et bouc, ophrys araignée), mais aussi quelques plantes rares comme l’euphorbe ésule et la gesse tubéreuse par exemple.

La prolifération d’espèces exotiques le long du couloir garonnais est devenue depuis de nombreuses années le problème majeur en ce qui concerne la diversité floristique.

La renouée du Japon, la balsamine de l’Himalaya, les jussies, pour ne citer que les principales, ont envahi certains secteurs, mettant en péril les espèces locales.

Aujourd’hui, ces espèces sont tellement bien implantées qu’il n’est plus possible de les éradiquer, même si des opérations ponctuelles d’arrachage peuvent avoir lieu sur de petites surfaces.

Afin de permettre le maintien de certaines espèces protégées ou rares, certains milieux sont à l’heure actuelle gérés en conséquence. Par exemple, les prairies fluviales, rares à l’échelle du couloir garonnais, sont importantes à conserver, car une flore spécifique s’y est installée.

La prise en compte de la flore est un peu du cas par cas et les objectifs sont à définir en fonctions des enjeux locaux.